地貌本溪满族自治县境内为长白山脉东南延续部分。地势东南高，西北低。有大小山岭达240多座。主要山峰有韭菜顶子山、西大顶子、大凹岭、长砬子等，海拔均在1032米以上。长白山系千山山脉从东向西横贯全境，形成东起东营坊、兰河峪，经草河掌到南部连山关的东南屋脊地带。全县千米以上的山峰大都分布在这里，平均高度海拔600米左右。位于千山山脉南麓的草河城、草河口一带，为南部丘陵地带，平均海拔高度400米左右。县境中部为太子河大断裂带。两岸形成许多羽毛状的小断裂，构成以太子河谷为中线的沉积小平原，平均海拔不足300米。县境北部为低山丘陵地带，山势较缓，平均海拔450米上下。俯视全县地势呈东南高，西北低之势。县内最高山峰是东营坊乡小东沟村的出不来沟顶，海拔1310米；最低绝对高为120米，是高官镇北三家子村太子河出境处。

水文本溪满族自治县的深山丛林具有极好的水源涵养能力，泉水溪流汇成大河，蕴藏着丰富的水利资源。境内水系主要分为黄海水系和渤海水系。境内有长度在5公里以下的小河1297条，5公里以上的河流有88条。这些河流夏季水量充沛，冬季水量减少，约有5个月的结冰期。大部分河水流经地方岩石坚硬，加之深山密林，植被覆盖，故河水含沙量较少。山区河床比降较大，年平均地表径流总量为13.54亿立方米，水能总蕴藏量达10万千瓦，7条较大河流水利电力开发潜力很大。

土壤本溪满族自治县的土壤可划分为棕壤、草甸、水稻、沼泽4个土类，7个亚类、34个土属，59个土种。棕壤土类，又称棕色森林土，多由残积质和坡积质形成，在本溪满族自治县分布广、面积大，约占总面积的1/2以上，多在山地上，呈垂直分布。草甸土类土质为淤积物，分布在河流漫滩处，或冲积平地、山间平地，被群众称为“地眼”。水稻土类，是由多种自然土壤种植水稻以后，在淹水灌溉的条件下形成的独特形态。分布地太子河两岸的清河城、碱厂、南甸一带。沼泽土类，分布在山谷低洼地区或地下水位高、有季节性积水的地方，群众称为“锈水甸子”。有机质含量较大,多数被开辟成为农田。2013年本溪县以土壤有机质提升补贴项目为依托，通过秸秆腐熟剂补贴方式，鼓励和支持农户应用秸秆还田腐熟技术，促进秸秆资源转化利用，进一步提升耕地质量。全县耕地耕地面积35.3万亩，通过土地结构和作物结构的不断调整,玉米、大豆、水稻三大作物基本稳定，其他经济作物发展较快。